变革性分子前沿科学中心由教育部于2019年12月31日批准设立，定位于世界顶尖的分子科学科研机构，由上海交通大学负责建设运行，是上海交通大学校直属二级科研机构。中心坐落于交大张江校区，毗邻上海同步辐射光源，是上海“张江综合性国家科学中心”重要组成部分。

中心依托上海交通大学化学与化工两个双一流学科，协同材料科学与工程、生物学、药学三个双一流学科，积极整合并拓展本校化学、化工、材料科学、生命科学、医学科学等学科在变革性分子研究方面的优势，形成变革性小分子、变革性大分子、变革性超分子和超快原位分子表征技术四个研究方向。中心实施管理委员会领导下的首席科学家负责制，并邀请国内外享有崇高声望的顶尖科学家组建学术委员会，中心主任和首席科学家由上海交通大学校长丁奎岭院士担任。

中心将以国家战略需求为导向，以增强自主创新能力为核心，以多学科交叉为抓手，以分子科学领域的前沿研究为对象，以开展国家分子科学与转化研究重大科研项目和高水平实质性国际合作为主要任务，逐步形成具有全球影响力的分子科学研究平台和人才培养摇篮，努力成为在分子科学领域具有国际“领跑者”地位的学术高地。